Philippe Muller est né le 20 avril 1946 à Mulhouse.
C'est dans sa ville natale qu'il commence le violoncelle, avant d'entrer dans la classe d'André Navarra au Conservatoire de Paris.
Il consacre l'essentiel de sa carrière à la musique de chambre et la musique contemporaine avant de se tourner vers l'enseignement. Il compte parmi ses élèves quelques uns de plus grands violoncellistes : Emmanuelle Bertrand, Gautier Capuçon, Marc Coppey, Henri Demarquette, Anne Gastinel, Raphaël Pidoux, Edgar Moreau, Xavier Phillips…