Philipp Friedrich Böddecker est né à Haguenau. Nous ne connaissons pas sa date de naissance : comme souvent, à cette époque, la première trace de son existence est l'acte de baptême daté du 5 août 1607.
Son père, originaire de Gostar en Saxe, était musicien professionnel et c'est en cette qualité qu'il s'était établi à Haguenau avant de rejoindre la collégiale de Stuttgart en 1614. C'est auprès de lui et de l'organiste de cette église que Philipp Friedrich apprend la musique.
En 1626 (il a donc 19 ans), il est engagé comme organiste et professeur de chant à Bouxwiller (Bas-Rhin). Trois ans plus tard, il rejoint la cour du prince de Hesse-Darmstadt comme bassoniste et organiste, puis entre dans l'orchestre de la cour du margrave de Bade. En 1633, il est nommé organiste de la Barfüßerkirche de Francfort mais ne peut prendre ses fonctions qu'en 1638, lorsqu'il est libéré de ses obligations à la cour. En 1642, il est nommé organiste de la cathédrale de Strasbourg, puis, parallèlement, organiste de l'université en 1648 et “Musikdirektor” de Strasbourg.
En 1652, il reprend le poste d'organiste à la collégiale de Stuttgart occupé quelques années plus tôt par son père. Il espère également obtenir la charge de compositeur à la cour, mais c'est finalement son rival, Samuel Capricornus, qui l'obtient. Commence alors une longue période de conflit entre les deux compositeurs, chacun dénonçant de grossières erreurs dans les compositions de l'autre !
Philipp Friedrich Böddecker décède à Stuttgart le 8 octobre 1683.