Le sort de l’Alsace et de la Moselle n’était évoqué dans aucune des clauses de l’armistice du 22 juin 1940 et c’est donc de manière unilatérale que l’Allemagne décide de rétablir l’ancienne frontière franco-allemande de 1871, le 4 juillet 1940.
Le 18 juillet, des dirigeants autonomistes pro-nazi signent le manifeste des Trois-Épis, une demande officielle adressée à Hitler d’annexion de l’Alsace au Reich.
Le 2 août 1940, l’Alsace et la Moselle cessent d’être un territoire français militairement occupé et deviennent provinces d’origine allemande recouvrées par le IIIe Reich.
Le 7 août, Joseph Bürckel, Gauleiter de Saarpfalz (Sarre-Palatinat), et Robert Wagner, Gauleiter de Baden (Pays de Bade), sont nommés respectivement chef de l’administration civile en Moselle et en Alsace ce qui revient à prononcer de fait l’annexion pure et simple de l’Alsace-Moselle par l’Allemagne. L’ancien Reichsland “Elsass-Lothringen“, tel qu’il existait entre 1871 et 1918, n’est pas reconstitué : la Moselle et Saarpfalz forme un nouveau Gau, Westmark, tandis que l’Alsace est intégrée dans le Gau “Oberrhein“ avec le Pays de Bade. Les administrateurs civils respectifs disposent de pouvoirs spéciaux et ne sont responsables que devant le Führer.
Les préfets et sous-préfets sont démis de leurs fonctions, l’administration française est supprimée au profit de l’administration allemande dont les postes à responsabilités sont confiés à des fonctionnaires venus d’Allemagne. Pour les postes subalternes, les fonctionnaires alsaciens qui désirent conserver leur emploi sont contraint de signer une déclaration d’allégeance au Führer, ce qui est en flagrante contradiction avec l'article 45 de la Convention de La Haye de 1907 : "Il est interdit de contraindre la population d’un territoire occupé à prêter serment à la Puissance ennemie“.
Dès le mois de septembre suivant, les établissements scolaires adoptent l’enseignement allemand. Les écoles confessionnelles sont interdites, les séminaires fermés et les religieux-enseignants licenciés. Les facultés de théologie de Strasbourg sont fermées au profit de celles de Heidelberg et Freiburg. Le concordat est aboli et la cathédrale de Strasbourg, fermée au culte, est destinée à devenir un monument national du Reich.
Les réfugiés sont incités à rentrer alors que, dans le même temps, commencent les expulsions des “indésirables“ (les juifs, les nord-africains, les Tsiganes, les hauts-fonctionnaires, les Français installés après 1918, les francophiles…) qui se poursuivront jusqu’en 1943. Ces expulsées (ils seront environ 45 000) ont moins d’une heure pour quitter leur domicile. Ils n’ont droit qu’à 50 kg de bagages et 2 000 francs d’argent liquide. Ils doivent en outre signer une déclaration par laquelle ils s’engagent à ne pas revenir en Alsace. Leurs biens, théoriquement mis sous scellés, sont en fait saisis.