Christoph Thomas Walliser est né à Strasbourg le 17 avril 1568.
En 1584, à 16 ans, il entreprend un long voyage à travers l'Europe (Allemagne, Bohême, Hongrie, Italie, Suisse) pour étudier les sciences et la musique. Il rentre à Strasbourg en 1599 et est alors nommé professeur (Praeceptor classicus et Musicus ordinarius) au Gymnase protestant et à l'Académie (qui deviendra université en 1621). Parallèlement, en 1600, il devient organiste de l'église Saint-Thomas et, en 1606, de la Cathédrale.
Il publie de nombreuses œuvres chorales et est alors considéré comme l'un des plus importants compositeurs de musique religieuse. En 1634, suite à la réduction du nombre de classes, il perd son poste de professeur. Il finira sa vie dans l'oubli et la pauvreté. Il décède à Strasbourg le 26 avril 1648.
S'il est tombé dans l'oubli, il reste quand même une trace de lui : une rue de Strasbourg porte son nom.